深圳赤湾港航股份有限公司由中国南山开发(集团)股份有限公司(以下简称"南山集团")于1982年9月投资设立，于1990年7月正式注册为中外合资经营企业。于1993年1月，经深圳市人民政府办公厅以深府办复[1993]357号文批准，改组为股份有限公司，于1993年5月，发行的境、内外社会公众股同时在深圳证券交易所挂牌上市。