公司的前身是昆明制药厂，创建于1951年3月，为云南省第一家国营制药企业，主要从事天然植物药品的开发生产与销售。1995年12月经云南省人民政府云政复[1995]112号文批准，在原昆明制药厂基础上整体改制，将其全部经营性资产作为股本投入，与昆明金鼎集团企业发展总公司、昆药职工持股会、昆明富亨房地产开发经营公司、昆明八达实业总公司共同发起设立了昆明制药股份有限公司，设立时公司总股本为5818万股。